vb_remove_corpus

 Find central corpus callosal region to remove these region
  [Vindx,Iremove] = vb_remove_corpus(F,V,nextIX,nextDD,Rmax,Rstep,Dmax)
 
 Vindx   : Vertex index for cortex model after removing central region
 Iremove : Vertex index for central region
 FLbig    : Triangle index for central corpus callosal region (Left brain)
 FRbig    : Triangle index for central corpus callosal region (Right brain)
 commissure

 2005-3-28  by M. Sato

 背景活動用に左右脳の脳梁付近の頂点を削除した頂点インデックスを求める

 処理の内容
 １．まず始めに Dmax よりも大きな長さを持つ三角形を選ぶ
     これで中心付近の脳梁部分に対応した頂点を選ぶ
 
 ２．Rmaxは最初に選んだ領域からどの程度領域を拡大させるかを決める半径
     皮質に沿った距離は16mm程度しか計算していないので、
     Rmaxになるまでエロージョンを繰り返す。
     Rstepは1回のエロージョンに使用する半径。

 Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
 License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)

0001 function    [Vindx, Iremove, FLbig, FRbig] = ...
0002                     vb_remove_corpus(F,V,nextIX,nextDD,Rmax,Rstep,Dmax)
0003 % Find central corpus callosal region to remove these region
0004 %  [Vindx,Iremove] = vb_remove_corpus(F,V,nextIX,nextDD,Rmax,Rstep,Dmax)
0005 %
0006 % Vindx   : Vertex index for cortex model after removing central region
0007 % Iremove : Vertex index for central region
0008 % FLbig    : Triangle index for central corpus callosal region (Left brain)
0009 % FRbig    : Triangle index for central corpus callosal region (Right brain)
0010 % commissure
0011 %
0012 % 2005-3-28  by M. Sato
0013 %
0014 % 背景活動用に左右脳の脳梁付近の頂点を削除した頂点インデックスを求める
0015 %
0016 % 処理の内容
0017 % １．まず始めに Dmax よりも大きな長さを持つ三角形を選ぶ
0018 %     これで中心付近の脳梁部分に対応した頂点を選ぶ
0019 %
0020 % ２．Rmaxは最初に選んだ領域からどの程度領域を拡大させるかを決める半径
0021 %     皮質に沿った距離は16mm程度しか計算していないので、
0022 %     Rmaxになるまでエロージョンを繰り返す。
0023 %     Rstepは1回のエロージョンに使用する半径。
0024 %
0025 % Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
0026 % License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)
0027 
0028 if nargin<5, Rmax  = 0.04;end;
0029 if nargin<6, Rstep = 0.01;end;
0030 if nargin<7, Dmax  = 0.02;end;
0031 
0032 Nmax  = ceil(Rmax/Rstep);
0033 
0034 % Process left and right separately
0035 FL = F.F3L;
0036 FR = F.F3R;
0037 
0038 % Find triangle with large length in corpus callosal
0039 FLindx = vb_find_big_triangle(FL,V,Dmax);
0040 FRindx = vb_find_big_triangle(FR,V,Dmax);
0041 
0042 FLbig   = FL(FLindx,:);
0043 FRbig   = FR(FRindx,:);
0044 Lremove = unique(FLbig(:));
0045 Rremove = unique(FRbig(:));
0046 
0047 % Extend remove region by erosion
0048 for n=1:Nmax
0049     Lremove = vb_fat_area(Lremove, Rstep, nextIX, nextDD);
0050     Rremove = vb_fat_area(Rremove, Rstep, nextIX, nextDD);
0051 end
0052 
0053 NV    = size(V,1);
0054 
0055 % Remove index
0056 Iremove = [Lremove; Rremove];
0057 %
0058 flag = zeros(NV,1);
0059 flag(Iremove) = 1;
0060 
0061 % Remaining region index
0062 Vindx = find( flag == 0 );