vb_dicom2curry

 function vb_dicom2curry(infile_pref,outfile_pref,flag)

 DICOMデータをCurry用に変換
 2004-01-31 Taku Yoshioka

 ・入力：DICOMスライス画像
 ・出力：Curry用ファイル(.imd,画像ファイルを含むディレクトリ)

 infile_pref: 
 スライス画像のプレフィックス。infile_prefに1から開始する
 番号を付けたファイルを読み込む。infile_prefにはセパレータ
 (.や_など)も含めること。後ろに'.mri'、'.dcm'を加えたファイルが
 存在すれば、それを優先して読み込む。

 out_pref: 
 出力ファイル名。ヘッダファイル[outfile_pref].imdと、画像データ
 [outfile_pref].imgが作成される。

 flag: 
 'header'を指定すると、imdファイルのみ作成する。

 ・座標系
 
 ・DICOMファイルから読み込む情報
 slice_thickness
 rows
 columns
 bits_allocated
 high_bit

 ・使用すべきと思われるが、意味が分からないパラメータ
 pixel_spacing(ピクセルの実サイズ？)
 image_position(原点？)
 image_orientation(イメージの向き？)

 ・注意
 スライスの向きはSagitalのみ対応している
 スライス方向以外の2軸について、ピクセルの実サイズは1mmと仮定

 2011-06-20 taku-y
  [minor] Progress message was added. 

 Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
 License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)

0001 function vb_dicom2curry(infile_pref,outfile_pref,flag)
0002 % function vb_dicom2curry(infile_pref,outfile_pref,flag)
0003 %
0004 % DICOMデータをCurry用に変換
0005 % 2004-01-31 Taku Yoshioka
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0007 % ・入力：DICOMスライス画像
0008 % ・出力：Curry用ファイル(.imd,画像ファイルを含むディレクトリ)
0009 %
0010 % infile_pref:
0011 % スライス画像のプレフィックス。infile_prefに1から開始する
0012 % 番号を付けたファイルを読み込む。infile_prefにはセパレータ
0013 % (.や_など)も含めること。後ろに'.mri'、'.dcm'を加えたファイルが
0014 % 存在すれば、それを優先して読み込む。
0015 %
0016 % out_pref:
0017 % 出力ファイル名。ヘッダファイル[outfile_pref].imdと、画像データ
0018 % [outfile_pref].imgが作成される。
0019 %
0020 % flag:
0021 % 'header'を指定すると、imdファイルのみ作成する。
0022 %
0023 % ・座標系
0024 %
0025 % ・DICOMファイルから読み込む情報
0026 % slice_thickness
0027 % rows
0028 % columns
0029 % bits_allocated
0030 % high_bit
0031 %
0032 % ・使用すべきと思われるが、意味が分からないパラメータ
0033 % pixel_spacing(ピクセルの実サイズ？)
0034 % image_position(原点？)
0035 % image_orientation(イメージの向き？)
0036 %
0037 % ・注意
0038 % スライスの向きはSagitalのみ対応している
0039 % スライス方向以外の2軸について、ピクセルの実サイズは1mmと仮定
0040 %
0041 % 2011-06-20 taku-y
0042 %  [minor] Progress message was added.
0043 %
0044 % Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
0045 % License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)
0046 
0047 %
0048 % サフィックスを決める
0049 %
0050 infile_suf = '';
0051 if exist([infile_pref '1.mri'])
0052   infile_suf = '.mri';
0053 elseif exist([infile_pref '1.dcm'])
0054   infile_suf = '.dcm';
0055 end
0056 
0057 disp(['prefix: ' infile_pref]);
0058 disp(['sufix : ' infile_suf]);
0059 
0060 %
0061 % 画像数のカウントと最大強度の抽出
0062 %
0063 fprintf('\n');
0064 fprintf('--- Count num. of images ');
0065 
0066 Nimg = 1;
0067 v_max = 0;
0068 
0069 while 1
0070   if ~exist([infile_pref num2str(Nimg) infile_suf])
0071     Nimg = Nimg-1;
0072     break;
0073   end
0074   s = read_dicom([infile_pref num2str(Nimg) infile_suf]);
0075   v_max = max([v_max; s.pixel_data(:)]);
0076   clear s;
0077   
0078   Nimg = Nimg+1;
0079   
0080   if mod(Nimg,10) == 0
0081     fprintf('-');
0082   end
0083 end
0084 
0085 fprintf(' %d files \n',Nimg);
0086 
0087 %
0088 % ヘッダファイル作成
0089 %
0090 fprintf('--- Create header file\n');
0091 
0092 s = read_dicom([infile_pref '1' infile_suf]);
0093 
0094 fp = fopen([outfile_pref '.imd'],'w');
0095 fprintf(fp,'IMAGE_KEYWORDS START\n');
0096 fprintf(fp,'\tSLICE_DISTANCE\t= %f\n',s.slice_thickness);
0097 fprintf(fp,'\tSLICE_NR\t= %d\n',Nimg);
0098 fprintf(fp,'\tSLICE_VALID\t= %d\n',Nimg);
0099 fprintf(fp,'\tSLICE_NR1ST\t= 1\n');
0100 fprintf(fp,'\tRAW_IMAGE_FORMAT\t= 2\n');
0101 fprintf(fp,'\tRAW_NUMBER_OF_BITS\t= %d\n',s.bits_allocated);
0102 fprintf(fp,'\tRAW_MOST_SIGN_BIT\t= %d\n',s.high_bit);
0103 fprintf(fp,'\tRAW_OFFSET\t= 0\n');
0104 fprintf(fp,'\tRAW_PIXEL_SIZE_X\t= 1\n');
0105 fprintf(fp,'\tRAW_PIXEL_SIZE_Y\t= 1\n');
0106 fprintf(fp,'\tRAW_SIZE_X\t= %d\n',double(s.rows));
0107 fprintf(fp,'\tRAW_SIZE_Y\t= %d\n',double(s.columns));
0108 fprintf(fp,'\tSLICE_ORDER\t= 1\n');
0109 fprintf(fp,'IMAGE_KEYWORDS END');
0110 fclose(fp);
0111 
0112 %
0113 % DICOMイメージを読み込み、まとめてファイルに保存
0114 %
0115 if nargin == 3 & strcmp(flag,'header')
0116   return;
0117 else
0118   fprintf(['--- Save image data (' outfile_pref '.img)\n']);
0119 
0120   Z = 65535/v_max;
0121   fp = fopen([outfile_pref '.img'],'w');
0122 
0123   h = waitbar(0,'Save Curry image data');
0124   prg = 0;
0125   prg_all = Nimg;
0126   vb_disp_nonl(sprintf('%3d %% processed',ceil(100*(prg/prg_all))));
0127   
0128   for i = 1:Nimg
0129     s = read_dicom([infile_pref num2str(i) infile_suf]);
0130   
0131     % 画像データの書き込み
0132     fwrite(fp,(s.pixel_data.*Z)','uint16');
0133     clear s;
0134   
0135     if mod(i,10) == 0
0136       waitbar(i/Nimg);
0137       for ii=1:15; vb_disp_nonl(sprintf('\b')); end
0138       vb_disp_nonl(sprintf('%3d %% processed',ceil(100*(prg/prg_all))));
0139     end
0140     prg = prg+1;
0141   end
0142 
0143   fclose(fp);
0144   close(h);
0145   drawnow;
0146   vb_disp_nonl(sprintf('\n'));
0147 end
0148 
0149 return;