0001 function [avw] = convert_nifti_to_las(fname,fnout)
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0016 avw = load_nii(fname);
0017
0018
0019 if ~isfield(avw,'filetype') || avw.filetype == 0
0020 error('File is not Nifti-format');
0021 end
0022
0023
0024 avw = change_orient_ras(avw);
0025
0026 hdr = avw.hdr;
0027 img = avw.img;
0028 dim = size(img);
0029
0030
0031 img(1:dim(1),:,:) = img(dim(1):-1:1,:,:);
0032
0033
0034 avw.img = img;
0035
0036 avw.hdr.dime.dim = hdr.dime.dim;
0037 avw.hdr.dime.pixdim = hdr.dime.pixdim;
0038
0039
0040 avw.hdr.hist.orient = 0;
0041 avw.hdr.hist.originator = zeros(size(avw.hdr.hist.originator));
0042
0043 avw.hdr.hist.qform_code = 0;
0044 avw.hdr.hist.sform_code = 0;
0045
0046 avw.hdr.hist.quatern_b = 0;
0047 avw.hdr.hist.quatern_c = 0;
0048 avw.hdr.hist.quatern_d = 0;
0049 avw.hdr.hist.qoffset_x = 0;
0050 avw.hdr.hist.qoffset_y = 0;
0051 avw.hdr.hist.qoffset_z = 0;
0052
0053 avw.hdr.hist.srow_x = [- avw.hdr.hist.srow_x(1:3) 0];
0054 avw.hdr.hist.srow_y = [avw.hdr.hist.srow_y(1:3) 0];
0055 avw.hdr.hist.srow_z = [avw.hdr.hist.srow_z(1:3) 0];
0056
0057
0058
0059 avw.hist.magic = 'aaa';
0060 avw.filetype = 0;
0061
0062 if nargin==2 && ~isempty(fnout)
0063
0064 save_nii_ana(avw, fnout);
0065 end