Convert analyzefile to Curry image file
vb_analyze2curry(analyzefile,outfile_pref)
vb_analyze2curry(analyzefile,outfile_pref,flag,flip_flag)
AnalyzeデータをCurry用に変換
・入力：Analyzeスライス画像
analyzefile
・出力：Curry用ファイル
out_pref: 出力ファイル名
ヘッダファイル [outfile_pref].imd と、
画像データ [outfile_pref].img が作成される。
--- Optional input
flag:
'header'を指定すると、imdファイルのみ作成する。
flip_flag
if flip_flag == 1, X-dir is flipped
・座標系
スライスの向きはSagital
[Curry]
X:Right(1)->Left(256)
Y:Front(1)->Back(256)
Z:Bottom(1)->Top(256)
[Analyze Left-hand coordinate]
X: Right(1) -> Left(191)
Y: Back(1) -> Front(256)
Z: Bottom(1) -> Top(256)
B(x,:,:) : Sagital slice
2004-01-31 Taku Yoshioka
2007-06-20 M.Sato
2009-12-21 rhayashi supported NIfTI format
Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)0001 function vb_analyze2curry(analyzefile,outfile_pref,flag,flip_flag) 0002 % Convert analyzefile to Curry image file 0003 % vb_analyze2curry(analyzefile,outfile_pref) 0004 % vb_analyze2curry(analyzefile,outfile_pref,flag,flip_flag) 0005 % 0006 % AnalyzeデータをCurry用に変換 0007 % ・入力：Analyzeスライス画像 0008 % analyzefile 0009 % ・出力：Curry用ファイル 0010 % out_pref: 出力ファイル名 0011 % ヘッダファイル [outfile_pref].imd と、 0012 % 画像データ [outfile_pref].img が作成される。 0013 % --- Optional input 0014 % flag: 0015 % 'header'を指定すると、imdファイルのみ作成する。 0016 % 0017 % flip_flag 0018 % if flip_flag == 1, X-dir is flipped 0019 % 0020 % ・座標系 0021 % スライスの向きはSagital 0022 % [Curry] 0023 % X:Right(1)->Left(256) 0024 % Y:Front(1)->Back(256) 0025 % Z:Bottom(1)->Top(256) 0026 % 0027 % [Analyze Left-hand coordinate] 0028 % X: Right(1) -> Left(191) 0029 % Y: Back(1) -> Front(256) 0030 % Z: Bottom(1) -> Top(256) 0031 % B(x,:,:) : Sagital slice 0032 % 0033 % 0034 % 2004-01-31 Taku Yoshioka 0035 % 2007-06-20 M.Sato 0036 % 2009-12-21 rhayashi supported NIfTI format 0037 % 0038 % Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved. 0039 % License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt) 0040 0041 if ~exist('flip_flag','var'), flip_flag = 0; end; 0042 0043 % load data and reorient to LAS 0044 [B, Vdim, Vsize] = vb_load_analyze_to_left(analyzefile); 0045 0046 v_max = max([B(:)]); 0047 % 0048 % ヘッダファイル作成 0049 % 0050 fprintf('--- Create header file\n'); 0051 0052 % SLICE_DISTANCE = 1.000000 0053 % SLICE_NR = 179 0054 % SLICE_VALID = 179 0055 % SLICE_NR1ST = 1 0056 % RAW_IMAGE_FORMAT = 2 0057 % RAW_NUMBER_OF_BITS = 16 0058 % RAW_MOST_SIGN_BIT = 15 0059 % RAW_OFFSET = 0 0060 % RAW_PIXEL_SIZE_X = 1 0061 % RAW_PIXEL_SIZE_Y = 1 0062 % RAW_SIZE_X = 256 0063 % RAW_SIZE_Y = 256 0064 % SLICE_ORDER = 1 0065 0066 fp = fopen([outfile_pref '.imd'],'w'); 0067 fprintf(fp,'IMAGE_KEYWORDS START\n'); 0068 fprintf(fp,'\tSLICE_DISTANCE\t= %f\n',Vsize(1)); 0069 fprintf(fp,'\tSLICE_NR\t= %d\n',Vdim(1)); 0070 fprintf(fp,'\tSLICE_VALID\t= %d\n',Vdim(1)); 0071 fprintf(fp,'\tSLICE_NR1ST\t= 1\n'); 0072 fprintf(fp,'\tRAW_IMAGE_FORMAT\t= 2\n'); 0073 fprintf(fp,'\tRAW_NUMBER_OF_BITS\t= 16\n'); 0074 fprintf(fp,'\tRAW_MOST_SIGN_BIT\t= 15\n'); 0075 fprintf(fp,'\tRAW_OFFSET\t= 0\n'); 0076 fprintf(fp,'\tRAW_PIXEL_SIZE_X\t= %d\n',Vsize(2)); 0077 fprintf(fp,'\tRAW_PIXEL_SIZE_Y\t= %d\n',Vsize(3)); 0078 fprintf(fp,'\tRAW_SIZE_X\t= %d\n',Vdim(2)); 0079 fprintf(fp,'\tRAW_SIZE_Y\t= %d\n',Vdim(3)); 0080 fprintf(fp,'\tSLICE_ORDER\t= 1\n'); 0081 fprintf(fp,'IMAGE_KEYWORDS END'); 0082 fclose(fp); 0083 0084 % 0085 % DICOMイメージを読み込み、まとめてファイルに保存 0086 % 0087 if nargin >= 3 & strcmp(flag,'header') 0088 return; 0089 else 0090 fprintf(['--- Save image data (' outfile_pref '.img)\n']); 0091 0092 Z = 65535/v_max; 0093 fp = fopen([outfile_pref '.img'],'w'); 0094 0095 img = zeros(Vdim(2),Vdim(3)); 0096 0097 % 向きと順序が異なる時の修正 0098 % for n=Vdim(1):-1:1 % X flip 0099 % img = flipud(img); % Y flip 0100 % img = fliplr(img); % Z flip 0101 % img = img'; % Y<->Z 0102 0103 % 画像データの書き込み 0104 if flip_flag == 0, 0105 xlist = 1:Vdim(1); % X : no flip 0106 else 0107 xlist = Vdim(1):-1:1; % X flip 0108 end 0109 0110 for n=xlist 0111 img = squeeze(B(n,:,:)); 0112 img = flipud(img); % Y flip 0113 img = fliplr(img); % Z flip 0114 fwrite(fp, img(:).*Z ,'uint16'); 0115 end 0116 0117 0118 fclose(fp); 0119 end 0120