make mask-image by thresholding
B = vb_image_to_mask2(B)
B = vb_image_to_mask2(B, Bval)
B = vb_image_to_mask2(B, Bval, step)
B = vb_image_to_mask2(B, Bval, step, Vsize)
--- input
B : mri Image data
step : subsampling step size [mm] Default: [1]
Bval : Threshold value for binary mask ,Default: [0.5]
= scalar : extract voxcel B > Bval
= [BV1 BV2] : extract voxcel BV1 < B < BV2
Vsize : voxcel size [1 x 3] ,Default: [1 1 1]
--- Optional input
plot_mode : Plot slice image.(0-2 : No, 3 : Yes)
zindx : スライス画像表示の Z-座標リスト
Nfig : number of subplot
--- output
B : masked image
MRI構造画像からマスクパターンの作成
M. Sato 2006-9-13
Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)0001 function B = vb_image_to_mask2(B, Bval, step, Vsize, plot_mode, zindx, Nfig) 0002 % make mask-image by thresholding 0003 % B = vb_image_to_mask2(B) 0004 % B = vb_image_to_mask2(B, Bval) 0005 % B = vb_image_to_mask2(B, Bval, step) 0006 % B = vb_image_to_mask2(B, Bval, step, Vsize) 0007 % --- input 0008 % B : mri Image data 0009 % step : subsampling step size [mm] Default: [1] 0010 % Bval : Threshold value for binary mask ,Default: [0.5] 0011 % = scalar : extract voxcel B > Bval 0012 % = [BV1 BV2] : extract voxcel BV1 < B < BV2 0013 % Vsize : voxcel size [1 x 3] ,Default: [1 1 1] 0014 % --- Optional input 0015 % plot_mode : Plot slice image.(0-2 : No, 3 : Yes) 0016 % zindx : スライス画像表示の Z-座標リスト 0017 % Nfig : number of subplot 0018 % --- output 0019 % B : masked image 0020 % 0021 % MRI構造画像からマスクパターンの作成 0022 % 0023 % M. Sato 2006-9-13 0024 % 0025 % Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved. 0026 % License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt) 0027 0028 if ~exist('step','var'), step = 1; end; 0029 if ~exist('Vsize','var'), Vsize = [1 1 1]; end; 0030 if ~exist('Bval','var'), Bval = 0.5; end; 0031 0032 %-------- マスクパターンの作成 -------- 0033 0034 % Size of original image data 0035 [NX,NY,NZ] = size(B); 0036 0037 ix = round(1:(step/Vsize(1)):NX); 0038 iy = round(1:(step/Vsize(2)):NY); 0039 iz = round(1:(step/Vsize(3)):NZ); 0040 0041 % データの間引き 0042 % subsampling 0043 B = B(ix,iy,iz); 0044 0045 % Size of subsampled image data 0046 [NBx,NBy,NBz]=size(B); 0047 0048 % Make mask image 0049 0050 Nval = length(Bval); 0051 0052 switch Nval 0053 case 1, 0054 % 閾値より大きい値を持つボクセルを抽出 0055 ix = find( B >= Bval ); 0056 B = zeros(NBx,NBy,NBz); 0057 B(ix) = 1; 0058 case 2, 0059 % 2つの閾値の間にある値を持つボクセルを抽出 0060 ix = find( (Bval(1) <= B) & (B <= Bval(2)) ); 0061 B = zeros(NBx,NBy,NBz); 0062 B(ix) = 1; 0063 end 0064 0065 if ~exist('plot_mode','var'), return; end; 0066 0067 if plot_mode > 1, 0068 % スライス画像表示の Z-座標リスト 0069 zindx = round(zindx/step); 0070 0071 vb_plot_slice( B, [], zindx, 1, Nfig); 0072 end