Remove corpus region from cortex model
[Vindx, Iremove] = vb_remove_corpus_run(brainfile)
Vindx : Vertex index for cortex model after removing central region
Iremove : Removed vertex index in central region
Option input
Para.Dmax_tri : Max distance to find large triangle in corpus callosal
Para.Rmax_remove : Max radius to extend remove region
Para.Rerosion : Radius for single erosion
2005-3-28 by M. Sato
背景活動用に左右脳の脳梁付近の頂点を削除した頂点インデックスを求める
処理の内容
１．まず始めに Dmax よりも大きな長さを持つ三角形を選ぶ
これで中心付近の脳梁部分に対応した頂点を選ぶ
２．Rmaxは最初に選んだ領域からどの程度領域を拡大させるかを決める半径
皮質に沿った距離は16mm程度しか計算していないので、
Rmaxになるまでエロージョンを繰り返す。
Rstepは1回のエロージョンに使用する半径。
Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved.
License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt)0001 function [Vindx, Iremove] = vb_remove_corpus_run(brainfile,Para) 0002 % Remove corpus region from cortex model 0003 % [Vindx, Iremove] = vb_remove_corpus_run(brainfile) 0004 % 0005 % Vindx : Vertex index for cortex model after removing central region 0006 % Iremove : Removed vertex index in central region 0007 % 0008 % Option input 0009 % Para.Dmax_tri : Max distance to find large triangle in corpus callosal 0010 % Para.Rmax_remove : Max radius to extend remove region 0011 % Para.Rerosion : Radius for single erosion 0012 % 0013 % 2005-3-28 by M. Sato 0014 % 0015 % 背景活動用に左右脳の脳梁付近の頂点を削除した頂点インデックスを求める 0016 % 0017 % 処理の内容 0018 % １．まず始めに Dmax よりも大きな長さを持つ三角形を選ぶ 0019 % これで中心付近の脳梁部分に対応した頂点を選ぶ 0020 % 0021 % ２．Rmaxは最初に選んだ領域からどの程度領域を拡大させるかを決める半径 0022 % 皮質に沿った距離は16mm程度しか計算していないので、 0023 % Rmaxになるまでエロージョンを繰り返す。 0024 % Rstepは1回のエロージョンに使用する半径。 0025 % 0026 % Copyright (C) 2011, ATR All Rights Reserved. 0027 % License : New BSD License(see VBMEG_LICENSE.txt) 0028 0029 if ~exist('brainfile','var') 0030 bayes_parm = set_bayes_parm_hand; 0031 brainfile = bayes_parm.brainfile; 0032 end 0033 0034 % 0035 % ----- Default Corpus Remove Parameter 0036 % 0037 if ~exist('Para','var') | ~isfield(Para,'Dmax_tri') 0038 % Max distance to find large triangle in corpus callosal 0039 Dmax_tri = 0.02 ; 0040 else 0041 Dmax_tri = Para.Dmax_tri; 0042 end 0043 if ~exist('Para','var') | ~isfield(Para,'Rmax_remove') 0044 % Max radius to extend remove region 0045 Rmax_remove = 0.030; 0046 else 0047 Rmax_remove = Para.Rmax_remove; 0048 end 0049 if ~exist('Para','var') | ~isfield(Para,'Rerosion') 0050 % Radius for single erosion 0051 % erosion is repeated (Rmax/Rstep) times 0052 Rerosion = 0.006; 0053 else 0054 Rerosion = Para.Rerosion; 0055 end 0056 if ~exist('Para','var') | ~isfield(Para,'Plot_mode') 0057 Plot_mode = 0; 0058 else 0059 Plot_mode = Para.Plot_mode; 0060 end 0061 % 0062 % ----- Remove corpus 0063 [V, F] = vb_load_cortex(brainfile); 0064 [nextDD,nextIX] = vb_load_cortex_neighbour(brainfile); 0065 0066 [Vindx, Iremove] = vb_remove_corpus(F,V,nextIX,nextDD, ... 0067 Rmax_remove, Rerosion, Dmax_tri); 0068 0069 if Plot_mode == 1, 0070 vb_plot_corpus( V,F,Iremove,Vindx ); 0071 end 0072 0073 return