=====  VBMEG リリースノート

バージョン：0.8.1.a.0
CVSタグ：version_0_8_1_a_0

=====  CVS情報

CVSROOT
  :pserver:username@ravel:/home/cbi/rhayashi/cvs_repository/vbmeg_genesis

===== 前バージョン(0.8.0.a.1)からの修正・追加項目一覧
■VBフィルタ作成関数追加
★VBフィルタ作成関数追加
・job_vbfilter.m
・job_current_feature.m
これまでVB推定の結果は.bayes.matに電流分散変数の形で保存され、
電流推定の時に逆フィルタを計算した後に、電流時系列を計算していた。
今回、.bayes.matからVB逆フィルタを計算して保存する関数を追加した。
また、電流時系列から特徴量を計算して保存する関数も追加した。

■MRI画像コンバーター追加
★DICOM Converter
・DICOMファイルを以下の２形式のファイルに自動変換するツールを追加
  ・Analyze LAS形式(VBMEG解析にはこちらを一貫して使う)
  ・NIfTI RAS形式

convert_dicom_nifti

★GUIから使う場合
・project_mgrの[Tools]->[Dicom convert]から起動。

■皮質モデル作成関数・GUI追加

★標準脳から個人脳の皮質・インフレートモデルを作成する関数を追加
・事前にSPMの spatial normalization を行い、*_sn.mat ファイルが必要

job_brain_model_std2sbj  　メイン関数
test_std_brain  　job_brain_model_std2sbjの使用例
test_check_std_brain  　作られる個人脳をMRIスライスに表示してチェック

・標準脳モデルデータ
ch2_std_brodmann.area.mat
ch2_std_brodmann.act.mat
ch2_std_aal.area.mat
ch2_std_aal.act.mat
ch2_std.brain.mat
ch2_std.area.mat
ch2_std.act.mat
ch2_n128.img
ch2_n128.hdr

★project_mgrの[Tools]->[Make cortical model]でGUIを起動。
  もしくは、brain_file_maker.mを実行する


■頭部１層・３層モデル作成関数・GUI追加・修正
★リードフィールド計算のために、Curry無しで頭蓋形状抽出が出来るようにした。
・従来のCurry ver4.5のCSFサーフェスデータからの生成も可能。
・事前にSPMの segmentation を行い、gray matter イメージが必要
・1層モデル：CSFサーフェス　(MEG用)
job_head_1shell
・3層モデル：頭皮、頭蓋、CSFサーフェス　(EEG用)
job_head_3shell
・テストスクリプト
test_make_head

★GUI追加
project_mgrの[Data Import]->[Import head model]->[SPM/Curry v4.5]から起動。


■MEG/EEGデータ関連の修正

★EEGデータの単位変更
・計測データ単位を[μV]から[V]に変換してインポートするよう仕様変更
job_eeg

★インポート時のデータ単位を[μV]から[V]に変更する措置に伴い、
　戻り値に単位(PhysicalUnit)を追加した。
bdffile_get_info

★インポート時のデータ単位を[μV]から[V]に変更する措置に伴い、
　ロード時に単位変更しないよう修正した。
eegfile_load_data

★MEG/EEG-MATファイルをインポート後に、センサ情報をデータファイルに
  適用するための関数を追加した。
posfile_remake_datafile
posfile_remake_eegfile
posfile_remake_megfile

★対象チャネルをユーザがIDまたはNameで指定できるよう機能拡張した。
load_channel_info
define_const ('DATA_TYPE_USER'を追加)

■MEG/EEGデータファイル仕様と読み込み関数の解説・チュートリアル関数の追加
Tutorial_MEG_EEG.pdf
meg_tutorial
eeg_tutorial

■新load_meg_info対応
★load_meg_infoがデフォルトで最小セットを返すようにした変更に伴い、
　不具合が起きないよう修正した。
concat_megfile
get_multi_fileinfo
load_yokogawa_sensor
msrmnt_active_channel_is_valid
msrmnt_active_trial_is_valid
msrmnt_make_trial_data
megfile_get_sensor_position
megfile_make_trial_data
combine_meg_files
megfile_load_data

■ユーティリティ

★構造体を渡してその個々のフィールドを変数として保存するユーティリティ追加
・多くの変数を持つファイルの一部の変数のみを変更して保存する時に便利

例 (ファイルの中の変数dataのみを変更して、新しいファイルに保存する例)
var_struct = load(filename);
var_struct.data = ...;
vb_save_struct (newfile, var_struct)

■前処理・EMGオンセット検出関数の追加・更新
・生データ処理.txt に解説が書いてある

★トライアル・センサ除去
test_bad_trial(new)
test_bad_trial_stat(new)
job_bad_trial_interact(new)
job_bad_trial
job_bad_trial_stat

★トライアル単位でのフィルタ処理
plot_filter_response
job_filter_trial_data

resample_by_spline
filter_trial_data
plot_filter_response
filter_raw_data

★EMGオンセット検出プログラム追加・修正

get_emg_onset
get_peak_threshold
get_emg_threshold
get_emg_onset_time
gamma_dist_prob
gamma_dist_param
gamma_dist

test_extract_trial_emg
test_emg_threshold

trigger_onset_pre
get_emg_onset_time

★従来のMEG用前処理
actfile_combine_key
megfile_remove_noisysensor
megfile_remove_noisytrial
megfile_remove_offset
megfile_remove_trial
megfile_remove_trial_ext
megfile_write_pretrigger

■脳ダイポール推定
・ダイポール推定スクリプト
test_brain_dipole


■電流再構成GUI
・電流計算GUIからトライアル毎の電流計算ができなかったのを修正。


■電流源表示GUI
・job_plot_currentmapで多数のトライアル別解析データを表示するのに
  ロードに非常に時間がかかるため、下記のI/F変更を行った
 (trial番号(int)を指定すると、そのtrialのデータのみ読み込んで起動)

(変更前) job_plot_currentmap(currfile, brainfile)
(変更後) job_plot_currentmap(currfile,brainfile,trial)

■削除されたファイル
info_get_extra_channel_info
job_preprocess_meg
